Το αρχικό ερώτημά σου ήταν:
Μπορώ να δηλώσω το σύνολο της κατοικίας ως αυθαίρετη με οικοδομική άδεια και να την ρυθμίσω μέσω του ν. 4178/13? Ή πρέπει να την δηλώσω ως αυθαίρετη χωρίς οικοδομική άδεια γεγονός που διπλασιάζει τα πρόστιμα?
Η απάντησή μου είναι ότι δεν μπορείς να δηλώσεις αυθαιρεσίες στο κτίσμα γιατί δεν υπάρχουν!
Όσο η οικοδομική άδεια δεν έχει ανακληθεί και τα σχέδια έχουν εφαρμοστεί, δεν υπάρχουν αυθαιρεσίες παρόλο που το τοπογραφικό της άδειας μπορεί να ήταν ψευδές.
Άρα δεν μπορείς να δηλώσεις αυθαιρεσίες, μπορείς να εκδώσεις βεβαίωση για να γίνει η μεταβίβαση.

Το τοπογραφικό και η διόρθωσή του είναι άλλο θέμα. Καθότι είσαι αρχιτέκτονας θα σου πρότεινα να απευθυνθείς σε έναν συνάδελφο που κάνει τοπογραφικές μελέτες και θα γνωρίζει τα σχετικά ή ακόμα καλύτερα στον τοπογράφο που συνέταξε το δεύτερο, διορθωμένο τοπογραφικό.